Църногорският монастир заема важно място в църковната, културната и политическата история на българите от Мраката, Граово и Знеполе, или днешната централна Западна България. Своето основаване монастирът дължи най-вероятно на заселили се в планината Черна гора (диал. Църна гора) отшелници, намиращи се под влияние на живота на великите пустинножители свв. Йоан Рилски, Гавриил Лесновски, Йоаким Осоговски и Прохор Пшински, които се подвизавали в басейна на р. Струма. А точно по долината на тази река в България прониквало силно християнското влияние от юг.
Самото име на планината краеведите свързват именно с множеството монаси – наречени на стария български език „черноризци". В района на Черна гора са запазени четири монастира: Църногорският, Чепинският, Поцърненският и Радибошкият, както и руини на монастири в районите на вр. Китка (старият Църногорски), над с. Ноевци, с. Косача и с. Ярджиловци. Дължината на пл. Черна гора е 20 км в посока север-юг, а широчината ù достига 9-11 км. Най-висок е вр. Тумба (1129 м), а на 500 м североизточно от него е вр. Китка (1118 м).
Оскъдните исторически сведения за възникването и ранната история на Църногорския монастир и направените археологически разкопки свидетелстват, че първите монастирски постройки датират от XI—XII в., съградени върху останки от античността. Проучванията установяват запазени основи на монашеско крило (правоъгълно) и на защитна кръгла кула. Наличието на крепостно съоръжение не е необичайно за средновековните монашески обители, примери са и Рилският и Хилендарският монастир. Зографският монастир също е имал защитна кула – в нея през 1284 г. римокатолиците изгарят светите 26 преподобномъченици, които отказват да изменят на православната вяра. Тогавашната обител се намирала в подножието на вр. Китка. На мястото още от времето на Римската империя е имало крепост, която е охранявала едно от разклоненията на прастария Беломорски път, свързващ Солун с Рим, както и пътя от Сердика за Адриатическо море. С нахлуването на варварите крепостта била разрушена, а римските пътища изоставени. Така в планината се възцарило спокойствие, което привлекло търсещите монашеско уединение.
При своето създаване монастирът се намирал под юрисдикцията на Охридската (Българската) архиепископия, основана през 1020 г. от император Василий ІІ. В неговата грамота изрично е отбелязано: „Постановяваме сегашният пресвети архиепископ на България да има толкова голяма епархия, каквато и колкото голяма е била при цар Петър." В 1183 г. за кратко време монастирът попаднал под маджарска власт, а десет години по-късно преминал към Търновската патриаршия. Монастирското братство стояло твърдо в православната вяра и заедно с останалия богоспасаем клир на българската църква оказвало подкрепа на патриарх Игнатий в неговата непоколебима позиция против Лионската уния от 1274 г., чиито привърженици били близкият Нишавски митрополит Кирик и Браническия Власий.
Във Втората българска държава в много по-голяма степен, отколкото в Първата, държавата подпомагала със средства църквата, строяла храмове и монастири, защитавала християнската религия и нейните служители. В Синодика на българската църква за Иван Асен ІІ се казва, че „създаде монастири и ги украси богато със злато, бисери и многоценни камъни и всички свети и божествени църкви надари с много дарове и обяви пълна свобода за тях, а всички духовници почете с голяма чест". По примера на владетелите едрите феодали също така се изявявали като щедри дарители: строели църкви и монастири, подарявали книги и икони, предоставяли материални средства.
По време на Асеневата, Тертеровата и Шишмановата династии Църногорският монастир е бил облагодетелстван с богато стопанство и множество големи и доходоносни имоти, дарени от щедрите царе и боляри, но е запазил своя характер на епархиален, а не „царски" монастир. Обителта се превърнала в едър феодален собственик с огромни права: получила пълен имунитет – административен, финансов и съдебен. На държавните служители се забранявало да се месят в работите на монастира и да събират каквито и да било данъци и такси от подвластните му лица. За всеки дълг и за всякакви задължения на монастирските люде можело да съди и събира този дълг единствено игуменът. Понякога на монастира се предоставял и данъкът, който свещениците от околността плащали на митрополита. В своята грамота цар Иван Шишман защитава монастира и забранява да му вредят нито „великата църква (патриаршията), нито протопопът, нито екзарсите, нито някои други", но да бъде свободен „догдето слънце сияе над земята и докато живее царството ми, па и след смъртта ми". Игуменът на монастира получава правото „да го управлява бащински и наставнически и да пребивава в този монастир както желае и предпочита, безпречно и несмущаващо заедно с намиращите се там монаси". В монастирската църква са могли да намират убежище гонени по различни причини, с изключение на извършилите тежки престъпления като убийство и прелюбодеяние. Игуменът се избирал от монастирското братство – „според съвета и желанието на всички да бъде поставян достойният", като право на митрополита било само да утвърждава направения избор.
Нагледен пример за тогавашното отношение на българските владетели към вярата е Мрачката грамота на цар Йоан-Александър от 1348 г.
В Църногорския монастир били преписвани по-стари църковно-богослужебни книги, а не е изключено да са превеждани и нови. Заедно с книжовната дейност, монастирът активно работел за опазване чистотата на християнската вяра – против ересите и остатъците от езичеството, чрез проповеди, беседи и наставления.
С нашествието на османците условията за съществуването на монастира коренно се променили. По-голямата част от имотите му били отнети в полза на султана. Този процес на обезземляване на обителта продължава и в следващите столетия, когато местните феодали си присвоявали отделни по-малки дялове от монастирското достояние. Паралелно с това османските главатари си позволявали да се разпореждат с останалите църковни имоти по свое усмотрение, тъй като монастирът загубил почти всички свои привилегии, дарувани му от византийските и българските царе и управници.
За разлика от много други обители, които са били разграбени, порутени и са опустели през първите десетилетия на османското владичество, Църногорският монастир не е пострадал при османското нахлуване. По това време той е бил средоточие на обществения живот на българите от съседните околии Софийска, Радомирска и Брезнишка.
След унищожаването на Търновската патриаршия Църногорският монастир попада отново под властта на Охридската архиепископия. Това става през 1410 г., когато архиеп. Матей, като представил хрисовулите на византийските императори, е издействал от император Мануил Палеолог грамота, която му дава право да управлява Софийска епархия, въпреки ожесточените протести на Цариградската патриаршия. Последната успява да си върне епархията едва към 1520 г.
Времето, през което монастирът е бил част от Охридската архиепископия, се оказва решаващо за запазване на автентично-българския му характер, тъй като охридските архиепископи в този период имали силно автокефалистично съзнание и покровителствали книжовността и напредъка на своето преобладаващо българско и сръбско паство. Монастирът е бил управляван от български първенци – епитропи, а богослужението винаги е било извършвано на български (църковнославянски) език. Освен богослужението на роден език, неотразимо влияние върху поклонниците оказвали книжнината, помениците, родословите, житията, стенописите и ангелското църковно пение. Ежегодно край монастирските стени на храмовия празник е ставало и многолюдно пазарище. Значението на светата обител в Софийската епархия било толкова голямо, че тогава тук на храмови празници е идвал да служи самият митрополит. С влиянието на Църногорския и другите околни монастири се обяснява и твърдото българско самосъзнание на местното население, което решително отхвърлило опитите за сърбизация, провеждани в третата четвърт на XIX в.
През 1557 г. с помощта на великия везир Мехмед Соколович сърбите, недоволни от засилването на гъркофилската партия, успяват да издействат възстановяването на Ипекската патриаршия, откъсвайки от диоцеза на Охридската архиепископия редица епархии, сред които и чисто българските Скопска, Морозвиздска и Кюстендилска (заедно с Разлог). Софийска епархия и Църногорският монастир обаче, както беше споменато, останали под властта на Цариградския патриарх.
В 1605 г. се случило султанът да минава наблизо начело на войската си. Бидейки будни и единомислени, местните хора не се побояли да използват случая, за да се оплачат от прекомерното и незаконно увеличение на църковните данъци, събирани от Цариградската патриаршия. А през 1731 г. българите от околността, окуражени от превземането на Ниш от австрийската армия, въстанали вече срещу османската власт. Тогава монастирът си навлякъл неприязънта на османлиите, които осъзнавали, че тъкмо в обителта населението се събира и общува, поддържайки едновременно вярата и народното единство. Монастирът е бил разбит и опожарен, вероятно около 1737—1739 г., тогава, когато мъченически е пострадал и Самоковският митрополит Симеон (Ипекска патриаршия). Опустошаването на монастира станало по следния начин: когато бил основаван Пиротският панаир, тамошните османци започнали да гледат с лошо око на монастира – като на съперник, заради ежегодното многолюдно пазарище, което ставало край неговите стени. И така, на един храмов празник те предизвикали сбиване, в което бил убит османлия. Това дало дългоочаквания повод за масово клане и подпалване на светата обител, при което бил смъртно ранен и тогавашният софийски митрополит. Той издъхнал по пътя за София в местността Владишка падина край с. Ярджиловци, но името му не е отнесено в мартиролозите. Пламъците на огъня погълнали сградите и изпепелили безценната монастирска библиотека.
Докъм 1949 г. на мястото все още са стърчали руини, като сред тях правела впечатление църковната олтарна трапеза, издялана от светъл пясъчник, с изрязан на плота й равнораменен кръст с надпис в междурамията IС ХР NИ KA), а също така голям каменен кръст с надписи и декоративни елементи от бигорен камък. През 1962 г. нечестива ръка отсича трите вековни церови дървета, които някога са издигали стройна осанка край монастирската църква и наричани заради намиращия се край тях каменен кръст "Кръстàто дỳбье". С това изчезват и последните материални спомени за древната обител. Днес за кипелия в миналото живот говори само купчина едри камъни, вече почти напълно покрити от трева и храсти.
Монастирът се връща към живот благодарение на хилендарски монаси, които при преминаването си през Църна гора открили по откровение свише заровеното аязмо и възобновили в близост до него обителта. Има вероятност в самия край на XVIII в. монастирът да е бил отново разрушен. В един извор от това време на "страшни турски беснования" Билинския монастир и бегуновската църква са посочени като единствени останали "неразбиени у каазата Брезничка, та само на тия две места са зимале християнете святи тайни божии".
През 1804 г. в Брезнишко се настанил лютия кърджалия Кара Фейзи, чиито баща произхождал от стар спахийски род, а майка му според някои сведения била българка. С разбойничествата си из Тракия той така досадил на султана, че му предложили да си избере една околия, която да управлява самостоятелно, но навън от която да не се показва под страх от решителна разправа. За нещастие на своите близки той избрал родния Брезник и скоро всичко живо пропищяло от зулумите му: "да се знае кога дойде Кара Везия у Брезник да е ага, та разтури целио вилает – и теше да пòмре светò за леб. По сви села он е зулум направил и не остави ни мома, ни невеста необезчестена". Неговите злодейства са записани от нечия ръка в 1809 г.: "Да се знае кога беше Кара Везията у Брезник, та изсече корията манастирска, щò имаше по вилаето дърво...". Много навредил този богоненавистник на светите божии църкви – едни ограбил, други напълно разорил. Към открито разбойническото ограбване на населението той, възползвайки се от верската дискриминация, изобретателно прибавил още и това, че събарял църкви и монастири, като карал населението при всеки опит за тяхното възстановяване да заплаща скъпи откупи. Но Божието наказание се стоварило върху любимата му дъщеря, която се разболяла – краката й започнали да съхнат. Не получила помощ от никъде, състоянието й се влошило дотам, че не можела да става от леглото. Тогава насън на Кара Фейзи се явил св. Архангел Михаил и му казал, че това е наказание за разрушените църкви и монастири. Осъзнал, че докато не поправи злините, сторени на християните, детето му няма да оздравее, Кара Фейзи се вразумил, подбуждан от бащиното чувство. За да омилостиви Бога и изпроси изцеление за детето си, той започнал да възобновява съсипаните християнски храмове. При тази промяна в управника, през 1814 г., съгласно мъчно четимия каменен надпис над западната врата на църквата в Църногорския монастир "...придоа попъ Игнатъ, попъ Заария при Кара Везя, та му се помолия заради манастиро, за святии чудотворцовъ и бесребрениковъ и придоа при славнаго кровавио и (харизаа) му чивъ биволе сосъ таками, сосъ чулъ...". Съумели да спечелят благоволението на управника, горепоменатите отци Захарий и Игнат (в монашество Иларион) се заели усърдно с възстановяването на монастира на мястото, което по-рано било избрано от светогорските монаси.
Законът в Османската империя не позволявал строеж на нови храмове и затова църквата била направена върху остатъците от зидовете на по-стар средновековен храм, съществувал на това място (близо до аязмото) от времето на стария монастир на вр. Китка и разрушен приблизително по едно и също време с него. С помощта на населението от 26 околни селища започнал градежът на монастирските постройки, които били окончателно завършени към 1822 г. Самият Кара Фейзи също дал пари за строежа. Когато завели дъщеря му на монастира, тя оздравяла.
Във Възрожденската епоха светата обител добива още по-голямо значение от преди. Освен старците Иларион и Захария, в обителта се подвизавали йеромонах Варнава, йеромонах Хрисант и много други неизвестни монаси. Те живеели в общежитие и спазвали стриктно монашеския канон, като отделяли внимание и на практикуването на Иисусовата молитва. На нея те научили мнозина ревностни християни и от миряните, както за това свидетелства ктиторския портрет на дядо Алекси Стефанов в църквата. В монастира през различни периоди пребивавали свещеници, като Андон от Режанци, Анания от Бобошево, Димитрия от Бегуновци и др. Домакинската работа и посрещането на многобройните поклонници били възлагани на цивилни лица – магери, които били поставяни измежду намиращите се в монастира дяци, писци или даскали, като Тричко от Мошино, Ваклин Йованов от Беренде, Христо Величков от Бегуновци, Димитрия от Гърло, Миялко от Брезник, Зарко, Андрея, Стоян Недялков от Ноевци, Куза Димитрович от Гигинци. Даскали били Величко Мариин от Садовик, Миялко от Бегуновци, Мина Ивин от Брезник и др. Важните стопански дела пък били поверявани на заможни първенци - епитропи, като чорбаджи Димитрия Игнатович от Брезник и чорбаджи Алекса Стефанов от Гигинци.
В навечерието на по-големите църковни празници от всички околни селища са пристигали мъже и жени, старци и деца; за всяко село е имало одая, в която посетителите да преспиват. Поклонници от близо и далеч се стичали към Църногорската света обител за духовна полза и изпросване на здраве от светите братя Козма и Дамян. Случаите на изцеления не били рядкост и мнозина се връщали да благодарят на божиите угодници, като дарявали на тяхната обител имоти, пари и ценни вещи. Хора са идвали и за радостни поводи, например гостите от с. Слаковци, които "доодише, та седеше у големуту одаю, та играеше, та пропаде доле у зевникът".
Известно е, че Софийският митрополит Паисий е имал обичая да ръкополага тук свещениците за цялата околия, за което свидетелстват приписки като тази: "Знати се кога стана поп Андон Костадинов от Режанци – 1858 месец марта, 9 ден". А при един случай наведнъж са ръкоположени 15 свещеника: "Знати се кога дойде владика Партений Пиротски у София, от София у Брезник, та успопи много попове у Софийско и у Брезничко и у Трънско, беше лето 1869 март." Освен това в Църногорския монастир при случай на нужда митрополитът привиквал за среща всички духовници от околията, както в случая за аргосването на свещеника, дръзнал да опее прасе.
Появилите се през XVI в. в този край мюсюлмани заели доходоносните имоти на запустелите монастири, а след това започнали да присвояват и общински и частни имоти. Този процес особено се засилил при управлението на Кара Фейзи и сина му Али бег. Притиснати от малоимотността много селяни намирали поминък, работейки в монастирското стопанство. Монасите винаги са подкрепяли хората в техните неволи и нещастия. В сушавата 1843 г. жителите на три села, застрашени от гладна смърт, са били хранени изцяло от светата обител. В приписка магерът Ваклин отбелязва: "Тая година до месец август немá една капка дождо. До дека да расне берекето немá дожд, немá градини, немá трáва, немá жито пролетно, немá есеница, немá емиш; нищо, сал дренки и печурки – друго нищо".
Монастирът е притежавал много имоти: някои запазени от времето на българските царе и боляри, повечето дарени от местните хора и чорбаджиите, а също и такива, закупени с парите на благодарни поклонници, получили помощ и изцеление от светите чудотворци Козма и Дамян. Стопаните полагали грижа за облагородяване на монастирските имоти, както може да се съди от следната бележка: "Да се знае кога аз, Ваклин гяк седех на Църногорски монастир святии безсребреници, та бех магер, та на сене 1846, месец марта, 9 ден пресадих 23 древя ябуки, круши 23 древя". Имало е няколко чифта волове, близо хиляда овце, собствена мандра, обширен пчелин, а най-късно до 1846 г. била построена нова обширна магерница с трапезария до входа на обителта и хамбар и яхър в Ноевци – най-голямото село в каазата. Нивите се обработвали с помощта на наемни работници – надничари и месечари от съседните села. Добивано е голямо за времето количество зърно. Най-богатият брезнишки чорбаджия Димитрия Игнатович – търговец, земевладелец и банкер, член на Софийския епархийски съвет, в качеството си на главен епитроп на Църногорския монастир използвал касата му, за да рефинансира безлихвените краткосрочни ипотечни заеми, които давал на населението.
Богатството на монастира привличало погледа и на разбойниците. Веднъж разбойническа банда от кошаревски турци се укрепила в монастира и завързала сражение с преследващата я потеря. Повечето от разбойниците били избити от войската, като само двама успели да побегнат, но били застигнати от султанския куршум – разбойникът Хасан паднал убит недалеч от обителта, в местността, днес наричана "Асанов гроб", а разбойникът Младен – край с. Елов дол. Грижлива ръка е записала по този повод: "Да се знае кога се писа това писмо, тогай беше чорбаджи Алекса, тогай погинаше адуците у манастир. Беше магер Миялко и Димитрия, 1862 месец май 12".
През април 1855 г. се представя в Господа йеромонах Иларион – ктитор и възстановител на монастира. Неговото място редом до стареца Захария заема дядо Алекси Стефанов от с. Гигинци – един от големите благодетели на светата обител, дал много средства за нейното благоустрояване. От 1854 г. той е епитроп, а в 1856 г. става главен ктитор на монастира. През 1859 г. според едно свидетелство приема монашески постриг и бива избран за игумен. Алекси Стефанов с голямо усърдие се грижи да увеличи още повече имотите на монастира чрез покупки, изгодни замени и узаконяване по давност. Брезнишкият търговец Димитрия Игнатович записва при един такъв повод: "1868 юлия 6 ден. Знати се како що правиха менка Божил Пеин сос Алекса епитроп сос ливади. Даде Божил у Кория горна на манастир...". По-богатите и благочестиви родове от съседните села непрестанно правели дарения на монастира, като гигинския род Богослави, който дарил значителен имот – гора и ливади над местността Куманов дол. Като обезпечил достатъчно монастира с имоти, със съдействието на своя съратник чорбаджията Димитрия Игнатович дядо Алекси предприел мащабно строителство. През 1864 г. било построено ново източно крило, на стената на което каменен надпис съобщава, че "работил майстор Мито от Радомир". В приписка по този повод се казва: "1866 лето. Тогава правиа бинàта (сградата) сос абара. Деда Алекса даде четири иляди гроша". През 1868 г. са поставени нови камбани, а най-късно в 1869 г. е завършен кръглият притвор на църквата. Димитрия Игнатович подарява каменна рамка за вратата на храма. Богатството на монастира се увеличава, което позволява в 1871 г. да бъде закупен и хан в с. Ноевци. Обновена и управлявана мъдро, Църногорската обител се превръща в един от големите монастири на Софийска епархия.
Бидейки крепило на вярата и българщината, Църногорският монастир защитава каузата на българския народ по време на църковно-народната борба. След завладяването на Търново от османците през 1393 г. Константинополският патриарх противоканонично си присвоява епархиите на Търновската патриаршия. Османското правителство искало да има в лицето на патриарха заложник за верноподанството на всички православни жители на Империята и затова поощрявало неканоничното засилване на неговата власт. С времето останалите източни патриарси - Александрийски, Антиохийски и Йерусалимски, станали напълно зависими от разпорежданията на Константинополския им събрат. До средата на XVIII в. тази централизация не е спъвала развоя на църковния живот на православните християни, но за жалост дяволът заразил умовете на константинополските владици с мечтата за възстановяване на Византийската империя. Осъществяването на този блян те виждали чрез подтискане и асимилация на негръцкоговорящите православни народи. Гръцките владици започнали да вършат небивали безчинства в епархиите, населени с православни българи, сърби, румънци и араби. През 1756 г. била закрита Ипекската патриаршия, а в 1767 г. – Охридската архиепископия. Навсякъде в богослужението бил налаган гръцкият език, ръкополагани били само епископи-гърци. Изгорена била библиотеката на Търновската патриаршия и навсякъде по българските земи били горени и унищожавани славянските книги и ръкописи. Надписите на старобългарски по стенописите на храмовете били заменяни с надписи на гръцки.
Всичко това породило основателен протест у православните българи, който се засилил през втората половина на XIX в. В 1860 г. гражданите на София принудили гръцкия владика Гедеон да не поменава на литургията името на патриарха, да се отрече от патриаршията и да поменава в църквата имената на султана и Иларион Макариополски. Гедеон дори предал митрополитските пари и тефтери на гражданите. За тези постъпки патриаршията го отзовала и изпратила на негово място българина Доротей, прочул се със злоупотребите си във Враца и Пирот. Софиянци повели борба против него и го прогонили, като отказали да приемат когото и да било, докато не се реши църковният въпрос. В тази обстановка, поради нарасналата нужда от български свещеници, се наложило идването на пиротския владика в Софийска епархия, за да "запопи приготвените тук лица". И именно в Църногорския монастир, в присъствието на игумена дядо Алексо, на монастирския епитроп чорбаджията Димитрия Игнатович и на брезнишкия учител Мина Ивин, той извършил ръкоположението на споменатите по-горе 15 свещеника. Едва през 1872 г. Българската Екзархия изпраща зографския монах Мелетий за софийски митрополит. Владика Мелетий посещава Църногорския монастир през май 1873 г. и освещава нов антиминс за храма, който е използван чак до 1960 г.
В цветущо състояние монастирът посреща деня, в който магерът Стоян Недялков записва на една от богослужебните книги: "1877 лето. Да се знае кога избегоя турци из България от руска сила...".
Доживял да види отечеството си свободно, през февруари 1878 г. почива йеромонах Захария – възстановител, ктитор и най-стар монах на светата обител.
С Освобождението братството и местното население полагат още по-големи усилия за благоукрасяване на монастира. През 1881 г. е направено разширение на източното крило, в което е предвидено допълнително място за приемане на гости и е изградена и фурна. На следващата година е ремонтирана сградата и е обновена вътрешността на монастирската църква "св. св. Козма и Дамян", както за това съобщава летописецът: "1882 година месец марта 10 дан записувам това писмо знати се кога се прегражда царквата на манастиро на свети бесребреници. Майстор Никола от село Бегуновци, майстор Мана от Гигенци. Писец Куза Димитрович от село Гигинци, беше магер". При това обновяване изцяло е подменена конструкцията на иконостаса, като е запазено почти всичко от първия, правен някъде около 1815 г. със собствени средства на стареца Иларион. За този ремонт даряват средства хора от селата Гигинци, Кошарево, Ноевци, Богданов дол, Селищен дол, Калугерски чифлик и др. Към малкия свещник, изработен през 1827 г. по поръка на Велко и Георги от с. Бегуновци, Манолко Николчин добавя два нови големи свещника, изработени от майстор Иванчо от Самоков през 1873 г. След като през 1849 г. с дарения на свещеник Васил и селяни от селата Беренде, Косача и Муртинци е изписана старата част на храма, в 1886 г. Георги поп Алексов от с. Дебели лак, ученик на Банската зографска школа, собственоръчно изографисва притвора.
В 1887 г. почива дългогодишният игумен и епитроп дядо Алекси. А негово място за настоятел е избран синът му Михалко Алексов. Той донякъде ограничава разностранната стопанска дейност на монастира, като през 1892 г. заменя "един хан, хамбар, градина и яхър наедно с местото, няходящи се в село Ноевци" за чифлика на чорбаджи Димитрия от Бегуновци, който се състоял от "ливади, кория, ниви и пр. в Черна гора". През 1893 г. монастирът изкупува и цялото наследство в Църна гора на децата на Димитрия Игнатович, състоящо се от "ниви, ливади, гори и всички други празни места" срещу сумата от 800 златни лева и имоти в селата от околията. През 1903 г. Земеделската каса в гр. Брезник дарява още имоти в Църна гора, а през 1910 г. новият настоятел Глигория Димов от с. Гигинци печели проточило се повече от осем години дело за оспорена собственост на светата обител върху гори в землището на с. Бегуновци.
През Първата Световната война 1915—1918 г. монастирът осигурявал реквизициите, които местното население трябвало да издължава за фронта. Някъде по това време игумен става дядо Паисий. След войната в обителта намира убежище прогоненият от своята родина русин йеромонах Йосиф. През 1925 г. е направено обновление на храма, като са подновени стенописите и са дарени много икони – Свети Убрус, Христос – Великият архиерей, Св. Богородица, Богоявление, св. св. Козма и Дамян, св. Никола и др., повечето от които днес не са запазени. Дарителите са от Варна, Радомир и от селата Лесковец, Габров дол, Делибатин чифлик, Мещица.
От 1923 г. датира първото посегателство върху монастирските имоти, като съгласно приетия от правителството на Ал. Стамболийски Закон за трудовата поземлена собственост са отчуждени 90 дка монастирски ливади и пасища. Те са възвърнати едва през 1931 г.
В 1934 г. в монастира е поставен телефонен пост – удобство, което по онова време са имали само кметствата на селата. От 1935 до 1940 г. тук безплатно са почивали деца на бедни семейства от София и Перник. През 1935 г. дядо Паисий се разболява и за игумен е назначен йеромонах Партений, който си позволява да извърши продажби на недвижими имоти. Това изглежда предизвиква негодувание сред околното население и на следващата година за настоятел е определен свещеник Петър Смрикаров. След смъртта на дядо Паисий през 1937 г. за повече от 60 години обителта остава без монаси.
По решение на държавната власт през 1939 г. поделение на трудовите войски прокарва път от с. Гигинци до монастира.
В годините на Втората световна война монастирът поема плащането на реквизициите, които селяните трябвало да дават за фронта, в монастирското стопанство „се отглеждали крави, овце, прасета, кокошки и пчелни кошери; обработвали се над 500 дка ниви", като стопани и работници са били предимно хора от близките села.
Веднага след 9-ти септември 1944 г. духовните лица са отстранени от монастира и телефонната връзка с външния свят е прекъсната. В обителта се разполагат партизани от Радомирския отряд, които държали под стража приближени на двореца лица, по-първи хора от местното население и взетите под арест офицери от Пети конен полк от Брезник. Понякога са довеждани и концлагеристи от лагера в Богданов дол да секат дърва. Според свидетелства част от тях са зверски измъчвани и убивани без съд и присъда и набързо заравяни в близост до монастира. Две десетилетия след тези събития, при поройни дъждове овчар от махалата Непразненци случайно открива кости на убитите и уведомява органите на властта. Предупреден е строго да не говори какво е видял, а милиционери идват и препогребват костите.
През месец юли 1946 г. започва изземването на монастирските имоти, като въпреки усилията и "хитрините" на настоятеля о. Петър по-голямата част от земеделските земи – 925 дка, са описани и причислени към държавния поземлен фонд. В края на годината монастирът е поверен на благочестивия свещеник Йордан Владимиров от с. Ноевци, който отговаря за него до 1953 г. От 1952 до 1959 г. в обителта пребивават монахини, под ръководството на игумения Павла, по-късно населница на Кладнишкия монастир. По това време ефимерий е свещеник Николай, изпратен тук, защото не се е ползвал с доверието на „народната" власт. Все по-често монастирът започва да служи за летуване на деца и за ученически лагер. Забележителен е фактът, че въпреки властващото тогава безбожие, някои от ръководителите на юношеските бригади са държали учениците задължително да участват в неделните и празничните църковни служби. В периода до 1956 г. са били отнети горите и почти всички земеделски имоти, като за ползване на монастирското земеделско стопанство са оставени едва 424 дка. През следващите десетилетия околните ТКЗС-та, АПК-Брезник и ДЗС-Елов дол постепенно си присвояват и тях, като към 1992 г. монастирът притежава едва 226 дка земя.
През 1960 г. духовните лица са принудени да напуснат обителта окончателно и тя става пионерски летен лагер. Започва най-мрачният период от историята на монастира. През 1956 той е обявен за архитектурен, а от 1976 г. – и за художествен паметник на културата, но в действителност е предаден на осквернение и разруха. Натрупаните през вековете ценности на монастира са разграбени, изчезват светините и библиотеката, сградите са оставени да се саморазрушават. В края на 60-те години на миналия век със съгласието на Софийска митрополия става място за отглеждане на добитък. "Наемателите", на които бил "харизван" най-често за по една година, оставили стопанските постройки да се саморазрушат и почнали да отглеждат животните в самия монастир. В стаите, предназначени за монаси и благочестиви миряни, вече блеели, грухтели и пръхтели крави, кози, овце, свине, зайци. Самият български патриарх Кирил считал обителта за "джендем", в който след 1968 г. се канел да заточи несъгласните с приемането на новия календар монахини от Княжевския девически монастир.
В тези тъмни години светата обител е преживяла бедствие, еднакво по своите последици с опожаряването й през 1737-1739 г. Изчезнал почти целият архив, всички богослужебни книги били отнесени неизвестно къде от протосингела на Софийската митрополия, ограбени били ценностите: сребърен малък кръст за водосвет, сребърни нимбове и ръка, сребърна звездица и дискос, сребърна лъжичка за свето причастие и още един малък сребърен дискос, три сребърни кандила, множество стари икони; поругана била сребърната мощехранителница, съдържаща мощи от покровителите на обителта св. св. Козма и Дамян и други светии, а другите свети мощи изчезнали заедно с кутията, в която били съхранявани. Аязмото пък оплячкосали иманяри, които задигнали множество златни и сребърни монети.
Заинтересовани единствено от собственото си обогатяване, „наемателите" превръщали монастира в развалина. Бидейки невярващи, а и непросветени, те не проявявали никакви грижи за опазване на монастирските светини. Така през 1976 г. наемателят Яне Митрев лекомислено предал на отговорника на снимачна група от киноцентъра 18 икони, голяма част от които не са върнати. Това небрежно отношение на Софийска митрополия спрямо обителта направило впечатление и на светската власт. В края на 1978 г. Пернишка община реагира с остро писмо до св.Синод, в което се казва: "... ежегодно харизаните се сменяваха и на стопанските сгради и църквата бяха нанесени много щети, за което бяха своевременно известени длъжностните лица в Софийска митрополия. Всеки харизанин идваше с намерение да ползва имота както намери за добре - да извлече максимална полза, с цената на нанасяне на щети на същия и на следващата година идваше друг... По неофициални сведения от Михайловградски окръг се канят да дойдат трима души с определеното намерение да отглеждат свине и едър рогат добитък. От близкото минало имаме горчивия опит в Билинския монастир, където църквата бе използвана за обор и бяха нанесени непоправими щети...". Митрополията в лицето на патриарх Максим реагира с писмо до община Перник, в което признава, че отдаването на обителта под наем е "временно и палиативно решение" и обещава да обърне необходимото внимание за по-доброто стопанисване на "...този най-голям наш монастир в Пернишки окръг". Решено било да се прекрати отдаването на обителта под наем и да се повери управлението й на свещеник от близко село. Вместо да се подобрят обаче, работите на монастира тръгнали още по-назле. Докато при предишните разпоредници обителта все още разполагала със значителен стопански инвентар и покъщнина, както личи от приемо-предавателните протоколи, скоро след като отеца назначил баща си за пазач, в монастира вече нямало дори достатъчно кревати и завивки. Стопанските постройки били разрушени, а строителният материал – керемиди, греди и камъни, били присвоени. Така следващите наематели, които идват в края на 1981 г. след напускането на свещеника, вече започват да отглеждат животните в самия монастир. За времето от 1961 до 1989 г. се изреждат повече от 10 наематели, като често тяхната смяна е съпроводена с недостойни пазарлъци.
След рухването на социализма постоянната смяна на наематели продължава, като монастирът бива доведен до все по-окаяно състояние. В края на 1991 г. кметът на с. Гигинци повиква телевизионен екип, за да бъдат заснети овцете и свинете, които обитават монашеските килии. Това обаче не предизвиква реакция.
Не търпейки повече такова поругание на своята обител, светите братя Козма и Дамян устройват завръщането на монаси в обителта. Последният наемател, който се канел "да вземе монастира под аренда" за 50 години, бил ужилен от оса и издъхнал почти на мига в монастирския двор. През 1998 г., когато сегашното братство избира обителта за свое "място на покаяние", я заварва напълно разграбена и полуразрушена. Оказа се при това, че идването е объркало сметките на някакъв кръчмар от с. Гигинци, възмечтал да бъде стопанин на монастира. С всевъзможни заплахи, посещения с ловно оръжие извън сезона, с люти закани и демонстративно забиване на тесли, той и приятелите му се опитват да изплашат братята и да ги принудят да напуснат. В крайна сметка, обаче, въпросният кръчмар става хладнокръвен убиец на собственото си семейство и в момента излежава присъдата си в затвора: „Недейте се лъга" - казва св. ап. Павел, "Бог поругаем не бива!"(Гал. 6:7)
Фоторепортаж от празника в Жаблянската св.обител за празника Отсичане главата на св.Йоан Кръстител.
Фоторепортаж от храмовия празник на Леворечкия манастир.